python处理基因组文件，python编辑基因

用BEDtools/Python序列截取

bedtools最基本的用法不用提供正负链信息。其实默认的就是截取基因组的区间序列，既然参考基因组是正链，那么默认截取的就是正链序列。如果bed文件有正负链信息，负链的序列就是软件默认情况下截取的序列的反向互补序列。

以下运行得到的结果仍然是blast的tabular格式(之后可以经过一些简单的shell命令处理，可转成bed格式，结合bedtools批量提取序列)。

在Python中，获取序列中某个元素的过程称为索引。

Day59-用Perl和Python脚本提取FASTA中最长转录本氨基酸序列

我给你perl的解决思路：首先，你要确定你的fasta文件的内容的规律性。比如每段序列的开始是不是都会有一些特殊的标志。那么可以用next函数，将这些不是序列的内容跳过。

cat *.fasta single_all_fasta.fasta 将所有fasta序列整合到一个fasta格式中。

fasta格式是一种基于文本用于表示核酸序列或 多肽 序列的格式。其中 核酸 或 氨基酸 均以单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。该格式已成为 生物信息学 领域的一项标准。

将所有fasta序列整合到一个fasta格式中。

怎么读取千人基因组中的vcf数据格式文件

单击菜单栏的“文件”，打开的下拉菜单单击“导入和导出”命令。打开“导入和导出向导”对话框，在请选择要执行的操作列表框中选中“导入 VCARD 文件（.vcf）”，单击“下一步”按钮。

vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须，可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。

将通讯录复制到执行目录或者用这个程序打开指定的文件之后，就可以在计算机上编辑了。编辑后的文件复制到手机上再恢复就可以使用新的通讯录。

关于python对文件的处理

此模式的一个变种以读写模式打开文件(Python中的“加”模式)，寻找到开始的位置，显式调用truncate()，重写文件内容。

文件读取全文本操作 在一定场景下我们需要把文本全部内容读取出来，进行处理。python提供三种函数读取文件，分别是read readline readlines，read()：读取文件的全部内容，加上参数可以指定读取的字符。

最近在构思如何 本地化股票数据 ，觉得有必要复习一下python对文件的创建、写入、和读取。首先先了解一下对于文件的处理都有常用函数：open(path， mode)：生成文件对象。

Excel文件格式主要有csv，xlsx和xlsx，对于不同的格式，我们使用不同的包来进行处理。其中， encoding=utf-8-sig 是为了编码正常可以正确显示中文， spamreader 中的每一个 row 为list格式，可以循环取出每个单元格的值。

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