R语言对GO和KEGG表读入作图，kegg r语言

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非模式生物GO、KEGG富集分析

KEGG指的是京都基因与基因组百科全书，通常我们使用KEGG中的pathway模块，将基因映射到某些通路上，了解基因参与生物体中的代谢过程等。

KEGG分析是通过对基因的表达信息进行分析来确定基因的功能的。GO分析和KEGG分析的主要区别在于它们所依据的数据不同。GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表达信息的。

Gokegg富集分析是一种生物信息学工具，用于分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否具有共同的生物学功能或通路。它可以将不同基因集之间的差异性比较和功能注释结果整合起来，进而预测哪些生物学过程与不同基因集相关联。

在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在功能注释后如何做富集分析中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图柱形图这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在功能注释后如何做富集分析中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。

其中2个与生长素信号转导相关，而另外8个则没注释到生长素信号转导相关，简单画一下，即好，剩下的两个就不替换了。整体上，ORA模式的富集分析，本身就是经典的抽球案例，感兴趣的自行替换就可以了。

go是计算机编程语言。KEGG基因组破译方面的数据库。

GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。

1、GO富集分析加载了注释库之后，读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

2、先将基因按不同标准(比如GO、KEGG、癌症特征基因等)分类成多个基因集(S)，依据表达值或者变化倍数等对基因排序(L)，计算ES(富集得分)、NES(标准化富集得分)再进行统计检验。

3、属性不同 Go（又称Golang）是Google的RobertGriesemer，RobPike及KenThompson开发的一种静态强类型、编译型语言。功能：内存安全，GC（垃圾回收），结构形态及CSP-style并发计算。

4、实际操作一般是取KEGG， REACTOME， GO等信号通路去检验。在示意图中基因集S大部分集中在基因列表头部，所以现在这个基因集富集在A组。基因排序列表有多种方法，像GSEA默认是S2N(Signal-to-Noise Ratio)。

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