r语言绘制go分类，r语言分类变量图

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R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

1、)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。

2、对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。

3、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图柱形图这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

4、你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面，然后用clusterProfiler进行数据分析” 。在如何构建的问题上，网上也有许多文章进行了介绍。构建 OrgDb 时，需要 gene_info 和 gene2go 。

5、第一列为GO term的ID，点击GO ID，可显示这个GO term包含的所有基因：再点击这个GO ID，就可以链接到 http：//amigo.geneontology.org 官网，可以查看GO的具体信息。

GO分析柱状分类图怎么做

1、获得数据，选择数据分类。最简单的柱状图显示各个分类的一个测量数据（还有一种矩形方块图标，那个叫直方图，和柱状图不同，直方图是用来表示连续范围内，等分间距内的数据变化情况）选择要画的数据类别。

2、首先打开origin图，可以看到一个表格，分别写上标题、单位、注释和作图的数据。可以直接在origin表格中输入数据或者通过excel表格粘贴到表格中。直接选中X、Y轴要作图的数据。

3、excel做柱状图方法：打开excel，选取所需要的内容。选择所需要的柱形图点击插入，下拉柱形图标，选择所需要的柱形图。更改颜色选择数据调整，选择更改颜色选择数据调整等即可。

4、我有GO分析出来的excel表，但是不知道怎么把表里的内容做成别人论文里那种上面柱状图下面名称，最下面分成3类GO的图，像这个图这样。求指导。

5、在股市电脑分析软件中通常采用DIF值减DEA(即MACD、DEM)值而绘制成柱状图，用红柱状和绿柱状表示，红柱表示正值，绿柱表示负值。用红绿柱状来分析行情，既直观明了又实用可靠。

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

1、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图柱形图这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

2、在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在功能注释后如何做富集分析中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。

3、其中2个与生长素信号转导相关，而另外8个则没注释到生长素信号转导相关，简单画一下，即好，剩下的两个就不替换了。整体上，ORA模式的富集分析，本身就是经典的抽球案例，感兴趣的自行替换就可以了。

4、我认为是因为我一行一行地运行代码。在 rmarkdown 中运行整个 R 块时，我没有收到错误。

5、接下来，我就跟大家分享两种方法，可以解决这个问题。方法使用quote函数我们来看看效果，还不错。方法使用cairo_pdf来创建pdf文件同样来看看效果。效果一样杠杠的。

R语言可视化及作图7--ggplot2之标签、图例和标题绘制

R 有几种用于制作图形的系统，但 ggplot2 是最优雅和最通用的系统之一。与大多数其他图形包不同，ggplot2 具有基于图形语法的底层语法，它允许您通过组合独立组件来组合图形。

R语言高阶可视化绘图系统：ggplot2入门 ggplot2是《The Grammar of Graphics》/《图形的语法》中提出了一套图形语法，将图形元素抽象成可以自由组合的要素，类似Photoshop中的图层累加，ggplot2将指定的元素/映射关系逐层叠加，最终形成所图形。

ggplot2 是由 Hadley Wickham 创建的一个十分强大的可视化R包。按照 ggplot2 的绘图理念，Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象)：在 ggplot2 中有两个主要绘图函数：qplot()以及ggplot()。