正文
linux调用r语言命令,linux中R
小程序：扫一扫查出行【扫一扫了解最新限行尾号】
复制小程序
如何在linux环境下使用r语言
1、下载
wget
2、解压：
tar -zxvf
R-3.0.1.tar.gz
cd R-3.0.1
3、安装 (当然也可以跳过)
yum
install readline-devel
yum install libXt-devel
./configure
4、 配置环境并编译安装
#
如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib
(这个我不需要，所以加入到后面)
# 如果3没安装, 那么后面加上： --with-readline=no
--with-x=no
./configure --prefix=/usr/R-3.0.1
make $$ make install
5、配置环境变量并生效
vi
.bash_profile
export R_HOME=/usr/R-3.0.1
export PATH=.:$R_HOME/bin:$PATH
# 试环境变量生效
source .bash_profile
6、 命令行测试
[admin@JD
software]$ R
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。
R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.
q()
7、创建脚本测试(t.R)
cd
/opt/script/R
vim t.R
#!/path/to/Rscript
#第一行
x-c(1,2,3)
#R语言代码
y-c(102,299,301)
model-lm(y~x)
summary(model)
8、测试：执行脚本
R CMD BATCH
--args /opt/script/R/t.R
more
/opt/script/R/t.Rout
#查看执行的结果
或者第二种方式
Rscript
/opt/script/R/test.R
#结果直接输出到终端
linux R语言运行脚本，提示载入程辑包，运行不成功
“载入需要的程辑包：”这种提示没什么大不了的，实在觉得烦就在脚本里导致出现这些东西的命令外面套一层suppressMessages()函数，比如suppressMessages(library(foreach))。
关键是后面提示的错误要解决。
linux服务器安装R语言及Rstudio server
在linux服务器上使用R语言及Rstudio server
cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本
wget
checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
6.安装
make
make install
安装成功！
R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。
q() ##退出R编辑
7.安装R-studio-server
wget
yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
8.R-studio-server的一些命令
rstudio-server start ##启动 rstudio
rstudio-server stop ## 关闭rstudio
rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态
运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动
rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误
rstudio-server restart ##重启
ifconfig ##查看服务器ip地址。
查看运行中R进程
rstudio-server active-sessions
指定PID，停止运行中的R进程
rstudio-server suspend-session pid
停止所有运行中的R进程
rstudio-server suspend-all
强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行
rstudio-server force-suspend-session pid
rstudio-server force-suspend-all
RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示
rstudio-server offline
RStudio Server临时上线
rstudio-server online
8.rstudio-server系统设置
主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改）
/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf
vi /etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改
www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0
rstudio-server restart
vi /etc/rstudio/rsession.conf
session-timeout-minutes=30#会话超时时间
r-cran-repos= #CRAN资源库
rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。
9.通过浏览器连接Rstudio-server
直接打开浏览器，输入;服务器ip:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。
这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项：
（1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录
（2）.用户的认证可以使用RSA。
如果没有普通用户，可以添加：
useradd newname # 添加一个名为newname的用户
passwd newname ###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。
usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中，
在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。
10可能存在的问题
10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来
rstudio-server verify-installation
There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that
it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not
configure with --enable-R-shlib.
这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib.
这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1".
使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。
10.2 普通用户无法启动rstudio-server
sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令
这时会需要输入密码并提示
xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.
如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。
su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。
chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限
vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。
找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)
youuser ALL=(ALL) ALL
%youuser ALL=(ALL) ALL
youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限
