r语言go富集结果怎么看，r语言如何查看数据集

小程序：扫一扫查出行
【扫一扫了解最新限行尾号】
复制小程序

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图柱形图这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在功能注释后如何做富集分析中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。

r语言怎么查看富集分析的数据首先利用r语言的install中的packages方法，输入参数【xlsx】即可。此时利用library(xlsx)语句，打开xlsx这个库。此时通过read的xlsx语法就能读取某个文件夹下的Excel文件。

首先，打开 TBtools GO 富集分析界面整体如上，一共三个文件：具体示例如下点击 Start ，随后等待即可。完成时会有弹窗提示。

功能富集分析：功能富集需要有一个参考数据集，通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。 GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO的第二层次。

生物富集在生物信息中有着重要的地位，做生物信息分析的时候总会遇到这样或者那样的富集分析，比如GO富集分析等。大多数情况下我们都是使用线上在线分析解决。

（1） David ——The D atabase for A nnotation， V isualization and I ntegrated D iscovery ，支持在线进行GO功能富集分析。

输入数据 --- 富集分析结果：一共四列，第一列为富集分析term名称，第一列为这个term包含的基因个数，第三列为P值或FDR，第四列为term中包含的基因列表，基因与基因之间一“/”隔开，如下图所示。

go富集分析是什么意思如下：富集分析(Enrichment Analysis) 是一种广泛应用于生物信息学Q 研究的统计方法，主要用于检验一个基因集合中某些功能或特征的富集程度。

在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。

从研一来到组里，一直听到 GO 富集分析几个字。直到现在，研二基本结束了，我都没做过，也不会做。有一个大概的认识，就是，自己的基因集中某种功能基因的占比要高于这种功能的基因在所有基因中的占比。

1、topGO是一个半自动的GO富集包，该包的主要优势是集中了好几种统计检验的方法，目前支持的统计方法如下：BiocManager：install(topGO)需要R的版本为=10，但biocmanager安装需要的R版本更高，现在应该是6。

2、两种方法： classic， elim 函数 GenTable() 可用于分析富集最为显著的 GO term 和相对应的p值。函数 score() 可以得到 topGOresult 对象中 GO term 的p值。

3、基因本体论富集分析(Gene 0ntology Enrichment Analysis) ：这是最常用的富集分析类型，用于验基因集合中基因本体论(GO)目的富集情况。这可以帮助研究者了解基因集合中的基因在生物学过程、分子功能和细胞组成方面的共同特征。

1、)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。

2、对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。

3、你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面，然后用clusterProfiler进行数据分析” 。在如何构建的问题上，网上也有许多文章进行了介绍。构建 OrgDb 时，需要 gene_info 和 gene2go 。

1、step 1：计算富集得分（Enrichment Score）。按顺序从头到尾逐个比较L中的基因与S中的基因，加和统计量，如果两者相同就增加KS统计量，反之就减少KS统计量。增加的多少与这个基因和表型的相关性有关。

2、通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO的第二层次。

3、go富集分析是什么意思如下：富集分析(Enrichment Analysis) 是一种广泛应用于生物信息学Q 研究的统计方法，主要用于检验一个基因集合中某些功能或特征的富集程度。

r语言go富集结果怎么看的介绍就聊到这里吧，感谢你花时间阅读本站内容，更多关于r语言如何查看数据集、r语言go富集结果怎么看的信息别忘了在本站进行查找喔。