生信linux命令手册 生信入门教程

Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计生信linux命令手册的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令生信linux命令手册的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大生信linux命令手册；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和生信linux命令手册我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

Linux常用命令详解 | find

find 命令的基本结构如下：

find 命令手册 ： man find

find 命令中的 -name 选项可以根据文件名称进行检索（ 区分大小写 ）。如需要忽略文件名中的大小写，可以使用 -iname 选项。

-name 和 -iname 两个选项都支持 wildcards 。如：

例1：查找 /usr 目录下所有文件名以 .txt 结尾的文件

例2：查找 /usr 目录下所有文件名刚好为 4 个字符的文件

例3：查以大写字母开头的文件

例4：查以两个小写字母和两个数字开头的txt文件

类似的还有：

-lname -ilname

-path -ipath

-regx -iregx

有些时候，你需要在搜索时匹配某个文件或目录的 完整路径 ，而不仅仅是匹配文件名。可以使用 -path 或 -ipath 选项。

例1：如查找 /usr 下所有文件名以 .txt 结尾的文件或目录，且该文件的父目录必须是 src 。可以使用以下命令：

例2：在当前目录除aa之外的子目录内搜索 txt文件

例3：在当前目录，不再子目录中，查找txt文件

如果只想搜索得到文件 或 目录，即不想它们同时出现在结果中。可以使用 -type 选项指定文件类型。

-type 选项最常用的参数如下：

例：检索 /usr 下所有文件名以 python 开头的目录

find 命令支持 -empty 选项用来检索 为空 的文件或目录。空文件即文件里没有任何内容，空目录即目录中没有任何文件或子目录。

例：检索用户主目录下所有的空目录

find 命令也允许用户对当前的匹配条件进行 “反义” （类似于 逻辑非 操作）。

如需要检索 /usr 下所有文件名 不 以 .txt 为后缀的文件。可以使用以下命令：

也可以“翻转”任何其他的筛选条件，如：检索 /usr 下所有内容不为空的文件

为了检索归属于特定用户的文件或目录，可以使用 -user 选项。

例：检索根目录下所有属主为 starky 的文件

类似于 -user 选项， -group 选项则可以根据文件或目录的 属组 进行检索。

有些时候，需要根据文件创建或修改的时间进行检索。

Linux 系统中，与文件相关联的时间参数有以下三种：

与此对应的是 find 命令中的 -mtime ， -atime 和 -ctime 三个选项。

这三个选项的使用遵循以下示例中的规则：

检索 /usr 下两天前被修改过的文件

如果觉得 -mtime 等选项以 天 为单位时间有点长，还可以使用 -mmin ， -amin ， -cmin 三个选项。

查找比 aa.txt 新 的文件

查找比 aa.txt 旧 的文件

查找比aa.txt新，比bb.txt旧的文件

-size 选项允许用户通过文件大小进行搜索（只适用于文件，目录没有大小……）。

表示文件大小的单位由以下字符组成：

另外，还可以使用 + 或 - 符号表示 大于 或 小于 当前条件。

检索文件大小高于 1 GB 的文件

find 命令可以使用 -perm 选项以文件权限为依据进行搜索。

9.1使用符号形式

例1：如需要检索 /usr 目录下权限为 rwxr-xr-x 的文件，可以使用以下命令：

例2：搜索 /usr 目录下所有权限为 r-xr-xr-x （即系统中的所有用户都只有读写权限）的文件和目录，可以使用以下命令：

很多时候，我们只想匹配文件权限的一个 子集 。比如，检索可以直接被任何用户执行的文件，即只关心文件的执行权限，而不用管其读写权限是什么。

上述的需求可以通过以下命令实现：

其中 a=x 前面的 / 符号即用来表示只匹配权限的某个子集（执行权限），而不用关心其他权限的具体设置。

9.2使用数字形式

例如：搜索 /usr 目录下权限为 644 （即 rwxr-xr-x ）的文件

find 命令默认是以 递归 的方式检索项目的，这有时候会导致得到的结果数量非常巨大。可以使用 -maxdepth 限制 find 命令递归的层数。

例如：搜索时向下递归的层数最大为 3

在之前的例子中有出现多个搜索条件的 组合 以及对某个搜索条件的 反转 。

实际上 find 命令支持 “and” 和 “or” 两种逻辑运算，对应的命令选项分别是 -a 和 -o 。通过这两个选项可以对搜索条件进行更复杂的组合。

此外还可以使用 小括号 对搜索条件进行 分组 。注意 find 命令中的小括号常需要用 单引号 包裹起来。因小括号在 Shell 中有特殊的含义。

如检索 /usr 下文件名以 python 开头且类型为目录的文件

该命令等同于：

更复杂的组合形式如：

例4：在除dir0及子目录以外的目录下查找txt后缀文件

说明：-a 应该是and的缩写，意思是逻辑运算符‘与’(); -o应该是or的缩写,意思是逻辑运算符‘或’(||), -not 表示非.

命令行的意思是：如果目录dir0存在（即-a左边为真），则求-prune的值，-prune 返回真，‘与’逻辑表达式为真（即-path './dir0*' -a -prune 为真），find命令将在除这个目录以外的目录下查找txt后缀文件并打印出来生信linux命令手册；如果目录dir0不存在（即-a左边为假），则不求值-prune ，‘与’逻辑表达式为假，则在当前目录下查找所有txt后缀文件。

-delete 选项可以用来删除搜索到的文件和目录。

例如：删除 home 目录下所有的空目录：

-exec 选项可以对搜索到的结果执行执行该参数所给出的shell命令。形式为 command {} \; ，注意{}与\;之间有空格 。每当 find 命令检索到一个符合条件的文件，会使用其完整路径取代命令中的 {} ，然后执行 -exec 后面的命令一次。

例1：如需要将 home 目录下所有的 MP3 音频文件复制到移动存储设备（假设路径是 /media/MyDrive ），可使用下面的命令：

其中的 大括号 （ {} ）作为检索到的文件的 占位符 ，而分号（ ; ）作为命令结束的标志。因为分号是 Shell 中有特殊含义的符号，所以需要使用单引号括起来或前面加上转义符 \ 。

例2：查看当前目录下的所有普通文件，并在 - exec 选项中使用 ls -l 命令将它们列出

例3：在多个文件中检索某个指定的字符串。如在用户主目录下的所有文件中检索字符串 hello ，可以使用如下命令：

创建 Gzip 格式的压缩文件的命令为：

现在假设需要将用户主目录下所有的 MP3 文件添加到压缩包 music.tar.gz 中，直观的感觉是，其命令应为如下形式：

实际情况是，这样得到的 music.tar.gz 其实只包含一个 MP3 文件。原因是 find 命令 每次 发现一个音频文件，都会再执行一次 -exec 选项后面的压缩命令。导致先前生成的压缩包被覆盖。

可以先让 find 命令检索出所有符合条件的音频文件，再将得到的 文件列表 传递给后面的压缩命令。完整的命令如下：

如果想浏览搜索到的文件（目录）的详细信息（如权限和大小等），可以直接使用 -ls 选项。

例如：浏览所有 1G 以上大小的文件的详细信息

与exec作用相同，区别在于，在执行命令之前，都会给出提示，让用户确认是否执行

与 exec 作用相同 ，起承接作用。区别在于 |xargs 主要用于承接删除操作 ，而 -exec 都可用 如复制、移动、重命名等

例1：查找以ap或may开头的文件

例2：查硬连接数大于2的文件或目录

例3：查找含特定字符串的文件。查找当前目录下含有"the string you want find…"字符串的文件：

例4：从根目录开始查tmpfile，一旦查到马上删除

例5：如何用find查找某一天更改的文件生信linux命令手册？可以使用这一行命令来实现：

A Guide to the Linux “Find” Command

linux常用命令

linux常用命令如下：

1、查看内核版本：uname -a。

2、控制台-》图形界面：init 5或者startx。

3、图形界面-》控制台: init3或者直接注销。

4、如何查看ip地址：ifconfig。

5、配置ip:ifconfig eth0 ip地址。

6、重启：reboot 或者 shutdown -r now。

7、普通用户切换到系统用户:su。

8、注销用户指令：logout。

9、从子机退出：ctrl+alt。

10、全屏：ctrl+alt+enter 。

基本思想：

Linux的基本思想有两点：第一，一切都是文件；第二，每个文件都有确定的用途。其中第一条详细来讲就是系统中的所有都归结为一个文件，包括命令、硬件和软件设备、操作系统、进程等等对于操作系统内核而言，都被视为拥有各自特性或类型的文件。

完全免费：

Linux是一款免费的操作系统，用户可以通过网络或其他途径免费获得，并可以任意修改其源代码。这是其他的操作系统所做不到的。正是由于这一点，来自全世界的无数程序员参与了Linux的修改、编写工作，程序员可以根据自己的兴趣和灵感对其进行改变，吸收了无数程序员的精华。

以上内容参考：百度百科--Linux

Linux命令大全

linux命令格式生信linux命令手册：

说明：command: 命令名,相应功能生信linux命令手册的英文单词或单词的缩写 [-options]：选项,可用来对命令进行控制，也可以省略，[]代表可选 parameter1 …：传给命令的参数：可以是零个一个或多个

一般是linux命令自带的帮助信息

如：

man是linux提供的一个手册，包含了绝大部分的命令、函数使用说明

该手册分成很多章节（section），使用man时可以指定不同的章节来浏览。

例：man ls ; man 2 printf

man中各个section意义如下：

man是按照手册的章节号的顺序进行搜索的。

man设置了如下的功能键：

在敲出命令的前几个字母的同时，按下tab键，系统会自动帮我们补全命令

当系统执行过一些命令后，可按上下键翻看以前的命令，history将执行过的命令列举出来

ls是英文单词list的简写，其功能为列出目录的内容，是用户最常用的命令之一，它类似于DOS下的dir命令。

Linux文件或者目录名称最长可以有265个字符，“.”代表当前目录，“..”代表上一级目录，以“.”开头的文件为隐藏文件，需要用 -a 参数才能显示。

ls常用参数：

Linux允许将命令执行结果重定向到一个文件，本应显示在终端上的内容保存到指定文件中。

如：ls test.txt ( test.txt 如果不存在，则创建，存在则覆盖其内容 )

注意： 输出重定向会覆盖原来的内容，输出重定向则会追加到文件的尾部。

查看内容时，在信息过长无法在一屏上显示时，会出现快速滚屏，使得用户无法看清文件的内容，此时可以使用more命令，每次只显示一页，按下空格键可以显示下一页，按下q键退出显示，按下h键可以获取帮助。

管道：一个命令的输出可以通过管道做为另一个命令的输入。

管道我们可以理解现实生活中的管子，管子的一头塞东西进去，另一头取出来，这里“ | ”的左右分为两端，左端塞东西(写)，右端取东西(读)。

clear作用为清除终端上的显示(类似于DOS的cls清屏功能)，也可使用快捷键：Ctrl + l ( “l” 为字母 )。

在使用Unix/Linux的时候，经常需要更换工作目录。cd命令可以帮助用户切换工作目录。Linux所有的目录和文件名大小写敏感

cd后面可跟绝对路径，也可以跟相对路径。如果省略目录，则默认切换到当前用户的主目录。

使用pwd命令可以显示当前的工作目录，该命令很简单，直接输入pwd即可，后面不带参数。

通过mkdir命令可以创建一个新的目录。参数-p可递归创建目录。

需要注意的是新建目录的名称不能与当前目录中已有的目录或文件同名，并且目录创建者必须对当前目录具有写权限。

可使用rmdir命令删除一个目录。必须离开目录，并且目录必须为空目录，不然提示删除失败。

可通过rm删除文件或目录。使用rm命令要小心，因为文件删除后不能恢复。为了防止文件误删，可以在rm后使用-i参数以逐个确认要删除的文件。

常用参数及含义如下表所示：

Linux链接文件类似于Windows下的快捷方式。

链接文件分为软链接和硬链接。

软链接：软链接不占用磁盘空间，源文件删除则软链接失效。

硬链接：硬链接只能链接普通文件，不能链接目录。

使用格式：

如果没有-s选项代表建立一个硬链接文件，两个文件占用相同大小的硬盘空间，即使删除了源文件，链接文件还是存在，所以-s选项是更常见的形式。

注意：如果软链接文件和源文件不在同一个目录，源文件要使用绝对路径，不能使用相对路径。

Linux系统中grep命令是一种强大的文本搜索工具，grep允许对文本文件进行模式查找。如果找到匹配模式， grep打印包含模式的所有行。

grep一般格式为：

在grep命令中输入字符串参数时，最好引号或双引号括起来。例如：grep‘a ’1.txt。

常用选项说明：

find命令功能非常强大，通常用来在特定的目录下搜索符合条件的文件，也可以用来搜索特定用户属主的文件。

常用用法：

cp命令的功能是将给出的文件或目录复制到另一个文件或目录中，相当于DOS下的copy命令。

常用选项说明：

用户可以使用mv命令来移动文件或目录，也可以给文件或目录重命名。

常用选项说明：

计算机中的数据经常需要备份，tar是Unix/Linux中最常用的备份工具，此命令可以把一系列文件归档到一个大文件中，也可以把档案文件解开以恢复数据。

tar使用格式 tar [参数] 打包文件名 文件

tar命令很特殊，其参数前面可以使用“-”，也可以不使用。

常用参数：

tar与gzip命令结合使用实现文件打包、压缩。 tar只负责打包文件，但不压缩，用gzip压缩tar打包后的文件，其扩展名一般用xxxx.tar.gz。

gzip使用格式如下：

gzip [选项] 被压缩文件

常用选项：

tar与bzip2命令结合使用实现文件打包、压缩(用法和gzip一样)。

tar只负责打包文件，但不压缩，用bzip2压缩tar打包后的文件，其扩展名一般用xxxx.tar.gz2。

在tar命令中增加一个选项(-j)可以调用bzip2实现了一个压缩的功能，实行一个先打包后压缩的过程。

压缩用法：tar -jcvf 压缩包包名 文件...(tar jcvf bk.tar.bz2 *.c)

解压用法：tar -jxvf 压缩包包名 (tar jxvf bk.tar.bz2)

通过zip压缩文件的目标文件不需要指定扩展名，默认扩展名为zip。

压缩文件：zip [-r] 目标文件(没有扩展名) 源文件

解压文件：unzip -d 解压后目录文件 压缩文件

whoami该命令用户查看当前系统当前账号的用户名。可通过cat /etc/passwd查看系统用户信息。

由于系统管理员通常需要使用多种身份登录系统，例如通常使用普通用户登录系统，然后再以su命令切换到root身份对传统进行管理。这时候就可以使用whoami来查看当前用户的身份。

who命令用于查看当前所有登录系统的用户信息。

常用选项：

如果是图形界面，退出当前终端生信linux命令手册；

如果是使用ssh远程登录，退出登陆账户；

如果是切换后的登陆用户，退出则返回上一个登陆账号。

在Unix/Linux中添加用户账号可以使用adduser或useradd命令，因为adduser命令是指向useradd命令的一个链接，因此，这两个命令的使用格式完全一样。

useradd命令的使用格式如下：

useradd [参数] 新建用户账号

在Unix/Linux中，超级用户可以使用passwd命令为普通用户设置或修改用户口令。用户也可以直接使用该命令来修改自己的口令，而无需在命令后面使用用户名。

可以通过su命令切换用户，su后面可以加“-”。su和su –命令不同之处在于，su -切换到对应的用户时会将当前的工作目录自动转换到切换后的用户主目录：

注意：如果是ubuntu平台，需要在命令前加“sudo”，如果在某些操作需要管理员才能操作，ubuntu无需切换到root用户即可操作，只需加“sudo”即可。sudo是ubuntu平台下允许系统管理员让普通用户执行一些或者全部的root命令的一个工具，减少了root 用户的登陆和管理时间，提高了安全性。

方法一:

方法二:

groupadd 新建组账号 groupdel 组账号 cat /etc/group 查看用户组

使用方法：usermod -g 用户组 用户名

新创建的用户，默认不能sudo，需要进行一下操作

-g用来制定这个用户默认的用户组

-G一般配合'-a'来完成向其它组添加

chmod 修改文件权限有两种使用格式：字母法与数字法。

字母法：chmod u/g/o/a +/-/= rwx 文件

cal命令用于查看当前日历，-y显示整年日历

设置时间格式（需要管理员权限）：

date [MMDDhhmm[[CC]YY][.ss]] +format

CC为年前两位yy为年的后两位，前两位的mm为月，后两位的mm为分钟，dd为天，hh为小时，ss为秒。如： date 010203042016.55。

显示时间格式（date '+%y,%m,%d,%H,%M,%S'）：

进程是一个具有一定独立功能的程序，它是操作系统动态执行的基本单元。

ps命令可以查看进程的详细状况，常用选项(选项可以不加“-”)如下：

top命令用来动态显示运行中的进程。top命令能够在运行后，在指定的时间间隔更新显示信息。可以在使用top命令时加上-d 来指定显示信息更新的时间间隔。

在top命令执行后，可以按下按键得到对显示的结果进行排序：

kill命令指定进程号的进程，需要配合 ps 使用。有些进程不能直接杀死，这时候我们需要加一个参数“ -9 ”，“ -9 ” 代表强制结束.

使用格式：

kill [-signal] pid

df命令用于检测文件系统的磁盘空间占用和空余情况，可以显示所有文件系统对节点和磁盘块的使用情况。

du命令用于统计目录或文件所占磁盘空间的大小，该命令的执行结果与df类似，du更侧重于磁盘的使用状况。

du命令的使用格式如下： du [选项] 目录或文件名

Linux 命令大全

Linux运维人员必会的120个命令

来自《跟老男孩学Linux运维：核心系统命令实战》一书

前言

第1章 Linux命令行简介 / 1

1.1Linux命令行概述 / 1

1.2在Linux命令行下查看命令帮助 / 4

1.3Linux shutdown reboot halt / 9

关机：

shutdown -h now

halt

init 0

第2章 文件和目录操作命令 / 13

2.1pwd：显示当前所在的位置 / 13

2.2cd：切换目录 / 16

2.3tree：以树形结构显示目录下的内容 / 18

2.4mkdir：创建目录 / 22

2.5touch：创建空文件或改变文件的时间戳属性 / 27

2.6ls：显示目录下的内容及相关属性信息 / 30

2.7cp：复制文件或目录 / 39

2.8mv：移动或重命名文件 / 42

2.9rm：删除文件或目录 / 45

2.10rmdir：删除空目录 / 48

2.11ln：硬链接与软链接 / 49

2.12readlink：查看符号链接文件的内容 / 54

2.13find：查找目录下的文件 / 55

2.14xargs：将标准输入转换成命令行参数 / 68

2.15rename：重命名文件 / 71

2.16basename：显示文件名或目录名 / 72

2.17dirname：显示文件或目录路径 / 72

2.18chattr：改变文件的扩展属性 / 73

2.19lsattr：查看文件扩展属性 / 75

2.20file：显示文件的类型 / 76

2.21md5sum：计算和校验文件的MD5值 / 77

2.22chown：改变文件或目录的用户和用户组 / 80

2.23chmod：改变文件或目录权限 / 81

2.24chgrp：更改文件用户组 / 85

2.25umask：显示或设置权限掩码 / 86

2.26老男孩从新手成为技术大牛的心法 / 90

第3章 文件过滤及内容编辑处理命令 / 91

3.1cat：合并文件或查看文件内容 / 91

3.2tac：反向显示文件内容 / 103

3.3more：分页显示文件内容 / 104

3.4less：分页显示文件内容 / 107

3.5head：显示文件内容头部 / 109

3.6tail：显示文件内容尾部 / 111

3.7tailf：跟踪日志文件 / 114

3.8cut：从文本中提取一段文字并输出 / 115

3.9split：分割文件 / 117

3.10paste：合并文件 / 118

3.11sort：文本排序 / 123

3.12join：按两个文件的相同字段合并 / 127

3.13uniq：去除重复行 / 129

3.14wc：统计文件的行数、单词数或字节数 / 131

3.15iconv：转换文件的编码格式 / 133

3.16dos2unix：将DOS格式文件转换成UNIX格式 / 134

3.17diff：比较两个文件的不同 / 135

3.18vimdiff：可视化比较工具 / 138

3.19rev：反向输出文件内容 / 139

3.20tr：替换或删除字符 / 140

3.21od：按不同进制显示文件 / 143

3.22tee：多重定向 / 145

3.23vi/vim：纯文本编辑器 / 147

3.24老男孩逆袭思想：做Linux运维的多个好处 / 152

第4章 文本处理三剑客 / 153

4.1grep：文本过滤工具 / 153

4.2sed：字符流编辑器 / 159

4.3awk基础入门 / 165

第5章 Linux信息显示与搜索文件命令 / 176

5.1uname：显示系统信息 / 176

5.2hostname：显示或设置系统的主机名 / 178

5.3dmesg：系统启动异常诊断 / 179

5.4stat：显示文件或文件系统状态 / 181

5.5du：统计磁盘空间使用情况 / 183

5.6date：显示与设置系统时间 / 186

5.7echo：显示一行文本 / 190

5.8watch：监视命令执行情况 / 193

5.9which：显示命令的全路径 / 195

5.10whereis：显示命令及其相关文件全路径 / 196

5.11locate：快速定位文件路径 / 197

5.12updatedb：更新mlocate数据库 / 199

5.13老男孩逆袭思想：新手在工作中如何问问题不会被鄙视 / 200

第6章 文件备份与压缩命令 / 201

6.1tar：打包备份 / 201

6.2gzip：压缩或解压文件 / 208

6.3zip：打包和压缩文件 / 211

6.4unzip：解压zip文件 / 212

6.5scp：远程文件复制 / 214

6.6rsync：文件同步工具 / 216

6.7老男孩逆袭思想：新手如何高效地提问 / 220

第7章 Linux用户管理及用户信息查询命令 / 222

7.1 useradd：创建用户 / 222

7.2usermod：修改用户信息 / 227

7.3userdel：删除用户 / 229

7.4groupadd：创建新的用户组 / 230

7.5groupdel：删除用户组 / 231

7.6passwd：修改用户密码 / 232

7.7chage:修改用户密码有效期 / 237

7.8chpasswd：批量更新用户密码 / 238

7.9su：切换用户 / 240

7.10visudo：编辑sudoers文件 / 242

7.11sudo：以另一个用户身份执行命令 / 244

7.12id：显示用户与用户组的信息 / 248

7.13w：显示已登录用户信息 / 249

7.14who：显示已登录用户信息 / 250

7.15users：显示已登录用户 / 252

7.16whoami：显示当前登录的用户名 / 253

7.17last：显示用户登录列表 / 253

7.18lastb：显示用户登录失败的记录 / 254

7.19lastlog：显示所有用户的最近登录记录 / 255

第8章 Linux磁盘与文件系统管理命令 / 257

8.1fdisk：磁盘分区工具 / 257

8.2partprobe：更新内核的硬盘分区表信息 / 265

8.3tune2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统参数 / 266

8.4parted：磁盘分区工具 / 268

8.5mkfs：创建Linux文件系统 / 272

8.6dumpe2fs：导出ext2/ext3/ext4文件系统信息 / 274

8.7resize2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统大小 / 275

8.8fsck：检查并修复Linux文件系统 / 278

8.9dd：转换或复制文件 / 281

8.10mount：挂载文件系统 / 284

8.11umount：卸载文件系统 / 288

8.12df：报告文件系统磁盘空间的使用情况 / 289

8.13mkswap：创建交换分区 / 293

8.14swapon：激活交换分区 / 294

8.15swapoff：关闭交换分区 / 295

8.16sync：刷新文件系统缓冲区 / 296

第9章 Linux进程管理命令 / 298

9.1ps：查看进程 / 298

9.2pstree：显示进程状态树 / 305

9.3pgrep：查找匹配条件的进程 / 306

9.4kill：终止进程 / 307

9.5killall：通过进程名终止进程 / 310

9.6pkill：通过进程名终止进程 / 311

9.7top：实时显示系统中各个进程的资源占用状况 / 313

9.8nice：调整程序运行时的优先级 / 320

9.9renice：调整运行中的进程的优先级 / 323

9.10nohup：用户退出系统进程继续工作 / 324

9.11strace：跟踪进程的系统调用 / 325

9.12ltrace：跟踪进程调用库函数 / 332

9.13runlevel：输出当前运行级别 / 334

9.14init：初始化Linux进程 / 335

9.15service：管理系统服务 / 335

第10章 Linux网络管理命令 / 338

10.1ifconfig：配置或显示网络接口信息 / 338

10.2ifup：激活网络接口 / 343

ifup eth0

10.3ifdown：禁用网络接口 / 343

ifdown eth0

service network restart（/etc/init.d/network restart） 激活整个网络，所有网卡。

10.4route：显示或管理路由表 / 344

10.5arp：管理系统的arp缓存 / 350

10.6ip：网络配置工具 / 351

10.7netstat：查看网络状态 / 358

10.8ss：查看网络状态 / 362

10.9ping：测试主机之间网络的连通性 / 363

10.10traceroute：追踪数据传输路由状况 / 366

10.11arping：发送arp请求 / 367

10.12telnet：远程登录主机 / 369

10.13nc：多功能网络工具 / 370

10.14ssh：安全地远程登录主机 / 373

10.15wget：命令行下载工具 / 376

10.16mailq：显示邮件传输队列 / 379

10.17mail：发送和接收邮件 / 381

10.18nslookup：域名查询工具 / 386

10.19dig：域名查询工具 / 389

10.20host：域名查询工具 / 393

10.21nmap：网络探测工具和安全/端口扫描器 / 394

10.22tcpdump：监听网络流量 / 398

第11章 Linux系统管理命令 / 407

11.1lsof：查看进程打开的文件 / 407

11.2uptime：显示系统的运行时间及负载 / 411

11.3free：查看系统内存信息 / 411

11.4iftop：动态显示网络接口流量信息 / 413

11.5vmstat：虚拟内存统计 / 415

11.6mpstat：CPU信息统计 / 419

11.7iostat：I/O信息统计 / 420

11.8iotop：动态显示磁盘I/O统计信息 / 423

11.9sar：收集系统信息 / 425

11.10chkconfig：管理开机服务 / 430

11.11ntsysv：管理开机服务 / 433

11.12 setup：系统管理工具 / 434

11.13ethtool：查询网卡参数 / 436

11.14mii-tool：管理网络接口的状态 / 437

11.19rpm：RPM包管理器 / 443

11.20yum：自动化RPM包管理工具 / 446

top命令

第12章 Linux系统常用内置命令 / 450

12.1Linux内置命令概述 / 450

12.2Linux内置命令简介 / 450

12.3Linux常用内置命令实例 / 452

🍓我的生信入门day2 bio-linux简单操作

仅供自己记录复习，并不严谨。

主要是学习了bio-linux最基本的一些操作。

1.linux命令组成。命令➕选项➕参数。

2.创建共享文件。windows和bio-linux的共享文件。

3.访问路径：pwd

访问下一级：ll 空格 文件名

访问本级：ll

访问上一级：ll 空格 ..

进入下一级：cd 空格 文件名或目录名

进入上一级：cd 空格 ..

注意：访问只是弹出该目录下有的所有文件和目录。进入是进入到下一级中的文件或者目录。

4.显示文件ls      ls -a            ls-l  [文件长格式显示]

5.创建目录和文件。mkdir 空格 目录名 ；touch 空格 文件名

6.复制cp、移动mv、删除rm文件。不能操作目录。操作目录：mv -r 、cp -r  、rm -r空格 目录名，删除只能删除本操作目录下的文件。

7.查看文件内容: cat 空格 文件名。所以不能对目录cat，可以ll 注意：ll是访问，是文件的一些基本信息。目录：cd 空格 目录名。

8.修改文件：vi 空格 文件名 按下i显示insert就可以编辑修改了。编辑修改完以后按下Esc后，打冒号： 然后wq保存，退出。q!是退出不保存，按d删除内容。

关于生信linux命令手册和生信入门教程的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。