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R语言做基因go分析 r语言分析geo数据
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R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型
columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:
举例:
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析
用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法
解读此表
但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一种方法
处理好了分组信息,再自定义比较元素
自定义函数进行比较
热土和火山图都是傻瓜式的,只要的前面得出的deg数据(也就是基因差异表达数据)是正确的
R语言GEO数据挖掘:步骤四:富集分析KEGG,GO
把之前R语言做基因go分析的数据设置好之后R语言做基因go分析,后面R语言做基因go分析的富集分析也是傻瓜式R语言做基因go分析的
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