r语言Go和弦图 r语言gc

【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理

观察结论：

观察自己的两个数据表：

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包

R-无序的定类数据分析：列联表、热力图、和弦图、桑基图和统计检验

今天我们将通过一个例子来说明如何分析两个定类变量。

文章背景：我们想研究CFPS2010和CFPS2012青少年对自身的职业期望。

如表1，我们将原始的职业期望编码整合成9类（职业编码的大类）和其他。由于我们想分析同一个人在跨轮次调查中职业期望的稳定性情况，故将分析对象定义为在CFPS2010和CFPS2012中都回答了自己对自己职业期望的受访者。如表2所示，进行重编码后的数据是宽数据，样本量是1920，数据集名字为expect。我们在进行后续分析时，要将其转换为绘图所需的其他形式。

⭐分析方式1——列联表、频数与频率

在表3中，我们展示了2010与2012年青少年职业期望的交叉统计情况。同时该表内，也附上了频数（落在各类别中的数据个数）、⽐例（某⼀类别数据占全部数据的⽐值）、百分⽐（将对⽐的基数作为100⽽计算的⽐值，包括百分比、行百分比和列百分比）。

⭐分析方式2——统计图表

分析前色彩讲解：预设渐变色，我们这里介绍2个色彩包。

1）专门生产系列颜色的RColorBrewer包，详见图1中的系列颜色。

library(RColorBrewer)

display.brewer.all()

2）色盲友好的配色方案viridis包，详见图2中的系列颜色。

library(viridis)

?viridis()#可以看到更多对这组包色彩的说明

接下来我们来画图吧~【注：图3-图6中的类目数字的含义：1）国家机关、党群组织、企业、事业单位负责人；2）医生；3）教师；4）专业技术人员（刨除教师和医生）；5）办事人员和有关人员；6）商业、服务业人员；7）农、林、牧、渔、水利业生产人员；8）生产、运输设备操作人员及有关人员；9）军人；10）其他。】

😀绘图1：相邻矩阵的热力图【绘图工具：ggplot2或专业的ComplexHeatmap包】

相邻矩阵是指代表N个节点之间关系的N*N矩阵，矩阵内的位置（i,j）表示第i和j个节点之间的关系。对本文的有向关系网络来说，相邻矩阵不具有对称性。相邻矩阵的的对角线表示节点与自己的关系情况。

相邻矩阵可以用热力图来表示，将节点之间连接的权重用颜色来表达。

Method 1：用ggplot2绘制

library(ggplot2)

library(reshape2)

expect_Heat-as.data.frame(round(prop.table(table(expect$code_new10,expect$code_new12)),5)*100)

colnames(expect_Heat)-c("from","to","value")

#expect_Heat（表4）就是我们生成的用ggplot2来画热力图的数据集。

ggplot(expect_Heat,aes(x=to,y=from,fill=value,label=value))+

  geom_tile(color="black")+

  scale_fill_gradientn(colors=brewer.pal(9,"YlGnBu"))+

  xlab('CFPS2012')+

  ylab('CFPS2010')+

  coord_equal()+

  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,colour='black'),

        axis.text.y=element_text(angle=0,hjust=1,colour='black'))

#####安装ComplexHeatmap前需先调入devtools包，然后我们再通过install_github函数安装ComplexHeatmap包

library(devtools)

install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")

library(ComplexHeatmap)

myColors=brewer.pal(9,"YlGnBu")[1:9]

expect_Heat_matrix-as.matrix(round(prop.table(table(expect$code_new10,expect$code_new12)),5)*100)

#expect_Heat_matrix（图4）就是我们生成的用ComplexHeatmap包绘制热力图所需要的矩阵。

Heatmap(expect_Heat_matrix,myColors)

😀绘图2：和弦图【绘图工具：circlize包的chordDiagram函数】

和弦图(chord Diagram)是一种显示矩阵中数据之间相互关系的数据可视化方法，主要用来展示多个对象之间的关系。

和弦图主要由节点和弦构成，节点数据沿圆周径向排列，连接圆上任意两点的带权重（有宽度）的弧线称之为弦，弦（两点之间的连线）就代表着两者之间的关联关系。不同节点和弦之间用颜色将数据加以分类，能够直观得对数据进行比较和区分，十分适合用来表示复杂数据之间的关联关系。

图6表现了2010至2012年青少年职业期望的演变特征，节点数为10表示要分析十种职业期望，数量通过弧线的颜色和宽度使其相互间的关系表达清晰：不同颜色的连线表示不同职业期望之间的关联程度，权重（弧线宽度）可发现不同期望之间选择上的明显变化。

library(circlize)

library(viridis)

expect_chord-expect_heat

chordDiagram(expect_chord,col=viridis::turbo(10))

😀绘图3：桑基图【绘图工具：ggalluvial包】

桑基图有利于展现分类数据之间的相关性，以流的形式呈现同一类别的元素数量。在图7中，边表示职业期望之间的流动情况，流量表示流动数据的具体数值，节点表示不同的职业期望分类。

通过图7，我们可以总结一下桑基图的特点：

1）起始总流量=结束总流量，即能量守恒。不能在中间过程中创造出流量，也不能有流量总量上的耗损。故，假如出现耗损或新增，可以设一个新的类别，如“其他”，存储这些不属于分析对象的类目。

2）分析流量的流动过程，不同线条代表不同的流量分流情况，边的宽度与流量成比例，边越宽，流量数值越大，

#install.packages('ggalluvial')

library(ggalluvial)

#去掉pid列，对expect数据集进行格式转换，转换后生成的用来画桑基图的数据集如表5，其中person列在绘图时代表流量，year列区分了流动中的状态，expectancy代表节点。

sapply(names(expect),function(x) length(unique(expect[,x])))

expect_sanky-to_lodes_form(co_2[,1:ncol(expect)],axes=1:ncol(expect),id="person")

colnames(expect_sanky) - c("person","year","expectancy")

expect_sanky-mutate(expect_sanky,year=ifelse(year=="code_new10","2010","2012"))

ggplot(expect_sanky,

      aes(x = year, stratum = expectancy ,alluvium=person,

          fill = expectancy, label = expectancy)) +

  geom_flow() +

  geom_stratum(alpha = .5) +

  geom_text(stat = "stratum", size = 3) +

  theme(legend.position = "none") +

  ggtitle("job expectancy at two points in time")+

  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))+

  theme(panel.grid.major=element_line(colour=NA),

        panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),

        plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),

        panel.grid.minor = element_blank())

注释：这三种图都可以进行美化，我在绘制部分图形时，并没有调参数，具体的内容修饰见参考文件。

⭐分析方式3——统计检验

😊方法一：卡方独立性检验：研究两组分类变量的关系

library(gmodels)

CrossTable(expect$code_new10, expect$code_new12,expected = T,format = "SAS",fisher = T,prop.c = T,prop.t = F,prop.chisq = T)

也可以用stats包中的统计检验分别计算。

1）Pearson 卡方独立性检验

chisq.test(expect$code_new10, expect$code_new12, correct = TRUE,

          p = rep(1/length(x), length(x)), rescale.p = FALSE,

          simulate.p.value = FALSE, B = 2000)

有多于20%的期望频数小于5，最小的期望频数T=0.025。依据卡方检验的使用条件，我们谨慎起见，选择读取Fisher's Exact Test。

2）Fisher精确检验

fisher.test(co_2$code_new10,co_2$code_new12, workspace = 5000, hybrid = FALSE,

            control = list(), or = 1, alternative = "two.sided",simulate.p.value=TRUE,

            conf.int = TRUE, conf.level = 0.95)

由P值0.01，拒绝原假设，认为2010年和2012年青少年的职业期望是独立的。

😊方法二：一致性检验

Kappa 系数用于一致性 检验 ，也可以用于衡量分类精度， kappa 系数的计算是基于混淆矩阵的。Kappa检验是用于检验两个变量的测量结果是否一致，强调一致性。从研究目的上来说，一致性、差异性和独立性是不同的概念。

kappa系数进行解读：一般认为kappa0.8，则有很好的一致性，kappa0.4，则一致性较差；此外还应通过显著性检验，也就是p值0.05。

library(irr)

kappa2(expect)

kappa2(expect, "squared") # predefined set of squared weights

根据图10，无论是原数据，还是考虑平方后的数据，我们均可以得到结论：在0.01的显著性水平下，2010年和2012年青少年职业期望的一致性较差。

#kappam.fleiss()：在2010、2012的基础上，在添加新的列——2014、2016等，该函数可以检验多个变量的测量结果是否一致。Fleiss' kappa系数：取值范围是【-1,1】，其系数越大，一致性越强，一般经验认为低于0.7是不可接受的尚需要改进，0.7可接受，0.9优秀。

😊方法三：配对分类数据的差异性检验

分析配对分类数据的差异性。此类数据最常见于实验研究，⽤不同的⽅法或不同的时间点检测同⼀批⼈，看两个⽅法的效果是否有差异。此时可使⽤配对卡⽅检验。注意，行名和列名具有相同的分类，并且计数表示成对响应。本质上，那些前后反应相同的个体并不影响对反应变化的评估。我们主要研究“不一致”的计数。Kappa检验会利用列联表的全部数据，而配对卡方检验只利用“不一致“数据。

当数据维度是2*2时，用配对分类数据的McNemar 检验；当数据维度超过2*2时，用McNemar–Bowker检验。

注：1）McNemar–Bowker检验的一个缺点：如果矩阵中的某些位置有0，它可能会失败；

2）如果“不一致”分类的计数很低，McNemar 检验可能不可靠。

mcnemar.test(expect$code_new10,expect$code_new12)

根据图11，McNemar–Bowker检验失败了。

if(!require(rcompanion)){install.packages("rcompanion")}

还可以利用Rcompanion包的nominalSymmetryTest函数对数据进行对称性检验，对本数据也是失效的。

⭐分析方式3——统计模型

待更新。

参考文件

1、《R语言数据可视化之美：专业图表绘制指南》（增强版），张杰，中国工信出版集团电子工业出版社。该书的电子版见微信读书。

2、 circlize官方教程。网址： R 中的循环可视化 (jokergoo.github.io) 。

3、ComplexHeatmap官方教程。网址： Heatmap Complete Reference (jokergoo.github.io)

4、定类数据分析与定序数据分析。 二、定类与定序变量分析 - 百度文库 (baidu.com)

5、定类数据与卡方检验。网址： 定类数据如何分析？卡方检验有什么使用场景？ - 百度文库 (baidu.com)

6、 R Handbook: Tests for Paired Nominal Data (rcompanion.org)

五线谱和弦GonD是什么意思？

G和弦r语言Go和弦图，低音为D，即G和弦的第二转位和弦（四六和弦）。

简单地说，r语言Go和弦图我们知道G和弦由G、B、D三个音级构成，以G为低音称为原位和弦；以B为低音为第一转位和弦，可标记为G onB或G/D；以D为低音为第二转位和弦，可标记为G onD或G/D

GonB和F#m7-5这两个和弦怎么按

G bass onB就是G/B，你照正常的G和弦按好，第一个音弹5弦（B，Si，7）就对了。

F#m7-5组成音为F#，A，C，E（#4,6,1,3）所以~~最简单的按法

1弦空

食指2弦1品

中指3弦2品

小指4弦4品。

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