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【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图柱形图这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个，一个term对应多个gene，同时还有层级关系。这样导致如果一个term显著富集，那和它共享很多基因的term也会显著富集。

单细胞富集分析我最常用的是分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。

需要下载一个VPN就可以正常登陆。如果已经开启了VPN，出现这种情况，一般是网络不佳的缘故，退出重新登录即可，建议多尝试几次。

需要下载一个VPN，才能登录谷歌账号；开启VPN后，出现卡白屏转圈，一般是因为网络不佳的缘故，退出重新登录，多尝试几次即可。

ROOT你的手机，或者安装一些虚拟定位软件，比如神行者(普遍反映这款比较好用)。重新定位你的游戏，不在锁区(口袋妖怪GO安卓锁区玩不了)范围内，就可以愉快玩耍。

小精灵就出现了，而网络不好的，则会一直卡在白屏那。解决办法：你可以稍微等待一下，等网络好了，白屏就会消失，精灵界面就会出来，当然，也可以使用更好的网络来避免白屏的发生。建议使用网络良好的WIFI或4G来玩游戏。

- 信号问题，可以尝试重新连接或者走到信号好的地方- 尝试重启游戏，刷新页面 - 用wifi - wifi不给力，用2/3/4G连接版本问题不正式的版本，你可以尝试更新最新版。

电脑接口供电不足。黑狗接口有问题了。USB线有问题，可能断了。建议：连接电脑，长按开机键。取出存储卡，用读卡器导出照片。

供电不足，接口不良等原因。GOpro连接在电脑上没有反应的原因有电脑接口供电不足，黑狗接口有问题了，USB线有问题，可能断了。都是造成没反应的原因。

你好，这种情况一般系统有问题。进入设置--应用与权限/更多设置--应用管理--找到相机--存储--清除数据和缓存，后重新打开。注：此操作前建议先将相册内数据备份，避免丢失无法悉猛找回。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

关键还在于感兴趣点在哪了。粗略的看，可以先看KEGG或者GO功能分类，看差异基因具体富集在哪些通路或功能。比如关注的是细胞内酸合成关键酶，可以重点看酸合成和碳流相关通路。具体如何看KEGG或者GO功能分类，请听下回分解。

可能的原因：Xxx应该是实体类的名字，而不是表的名字。查看hibernate.cfg.xml文件，是否有添加“mapping resource”。

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