超全的R语言画GO富集图，r语言画分布图

如何用R语言的ggplot画分组堆叠图,也就是既分组又堆叠?

在ggplot2中，通常使用的条柱排列方式有三种，并排式（dodge）、堆栈式（stack）和填充式（fill）。

接下来，我们使用ggplot()函数创建了一个图形对象，并使用aes()函数对变量进行映射。我们将season作为x轴，value作为y轴，并将phenophase作为填充色。

在 ggplot2 中，这对于不同的群组几何对象的处理方式不同。折线图和路径图按照“第一个值”原则运行：每个段由两个观察定义，ggplot2在绘制线段时应与第 一个 观察值相关的图形属性（例如，颜色）。

先创建一个ggplot图层，后面逐步添加图层 可添加的图层有：使用数据集 ToothGrowth ，其中的变量len(Tooth length)是连续变量，dose是离散变量。

目前最全的R语言-图片的组合与拼接

1、cowplot是一个ggplot2包的简单补充，意味着其可以为ggplot2提供出版物级的主题等。

2、R语言组合图片时图例和文字等比例缩小方法如下：par()函数；par()函数可以设置绘图的全局参数，如lty、 pch等。这些设置除非被修改，否则在接下来的所有代码中均成立。

3、R 有几种用于制作图形的系统，但 ggplot2 是最优雅和最通用的系统之一。与大多数其他图形包不同，ggplot2 具有基于图形语法的底层语法，它允许您通过组合独立组件来组合图形。

4、如果要实现聚类树在heatmap上，我们需要利用ggtree函数，分别绘制聚类树与热力图，最后用aplot包进行拼接即可。

5、tapply()：tapply(X =Veg$R，INDEX = Veg$Transect，FUN = mean).tapply函数根据第二个变量(Transect)的不同水平对第一变量(R)进行了求平均值运算。还可以求sd，var，length等操作。

《R语言实战》自学笔记16-图形图例

1、进行图标symbol设置，设置为三角形。双击线就会出现plot detail，或者选中线后右键plot details。进行图例显示设置，选中图例/图标，右键properties进入设置，注意格式为“l(线编号)名称”。

2、FUN = mean).tapply函数根据第二个变量(Transect)的不同水平对第一变量(R)进行了求平均值运算。还可以求sd，var，length等操作。R语言初学者指南P75详细介绍了这个函数。

3、R语言组合图片时图例和文字等比例缩小方法如下：par()函数；par()函数可以设置绘图的全局参数，如lty、 pch等。这些设置除非被修改，否则在接下来的所有代码中均成立。

4、对图形元素添加文本标注 4 特殊符号 有时候需要在图上标注诸如求和、积分、上下标等数学符号，还有一些公式等。这里需要用到函数expression(...)，...是要输入的表达式。

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