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R语言GO富集分析画图,go富集柱状图r语言
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【R语言】给富集分析的气泡图加个好看的配色
1、最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。
2、r语言怎么查看富集分析的数据 首先利用r语言的install中的packages方法,输入参数【xlsx】即可。此时利用library(xlsx)语句,打开xlsx这个库。此时通过read的xlsx语法就能读取某个文件夹下的Excel文件。
3、配色确实有那味了,但是没想到内置的颜色不够用,可能通路少一点会好。连续型变量系列:然后我发现,不管添不添加配色,都是和默认的配色保持一致,目前猜测可能是颜色不够导致的。
R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
)检查结果,可见geneID展示为gene symbol。(1)在enrichGO函数中,设置readable = TRUE;(2)用setReadable函数,对GO或者KEGG结果进行转化即可。
对于没有转换的gene ID,clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID:可以看到,这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。
这样做能避免得出的结论不全面,对于事先没有预想的term或者是事先预想的term不全面这些情况有帮助。
你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面,然后用clusterProfiler进行数据分析” 。在如何构建的问题上,网上也有许多文章进行了介绍。构建 OrgDb 时,需要 gene_info 和 gene2go 。
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题
1、最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。
2、GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个,一个term对应多个gene,同时还有层级关系。这样导致如果一个term显著富集,那和它共享很多基因的term也会显著富集。
3、其中2个与生长素信号转导相关,而另外8个则没注释到生长素信号转导相关,简单画一下,即 好,剩下的两个就不替换了。整体上,ORA模式的富集分析,本身就是经典的抽球案例,感兴趣的自行替换就可以了。
4、单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ,但最近用到了GO分析,就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好,数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本,没办法区分HC和病例组。
单细胞之富集分析-3:GO和KEGG富集分析及绘图
单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ,但最近用到了GO分析,就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好,数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本,没办法区分HC和病例组。
单细胞数据的分组包含不同细胞类型,对照组和实验组,不同时间段的样本等,可以按照不同的分组将表达量矩阵和细胞分组信息提取出来,再进行后续分析 。
GO和KEGG富集分析视频讲解 最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了,简直不忍直视。
GO富集分析 加载了注释库之后,读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。
GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分,它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology,是基因功能国际标准分类体系。
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