go注释r语言，r语言文本标注

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GO文件中的注释信息是如何得到的

对于以上19个物种，只需要安装对应的org包，clusterProfile就会自动从中获取GO注释信息，我们只需要差异基因的列表就可以了，使用起来非常方便。

分析结果。所以最重要的工作就是数据的准备。需要的数据包括包含全部geneID（背景基因名，一般是研究物种的全部基因）的文件，需要进行富集分析的geneID（差异表达基因或感兴趣的基因）文件，还有gene-to-GO的注释文件。

由于基因芯片具有高通量和高信息量的特性，因此其探针注释系统是构建基因芯片技术平台的一个关键步骤。

函数 topDiffGenes() 可以在 p-values=0.01 的显著水平上筛选 geneList 中的差异表达基因。

BiocManager：install(topGO)需要R的版本为=10，但biocmanager安装需要的R版本更高，现在应该是6。富集工作主要包括3个步骤：准备相关数据；进行富集统计检验；分析结果。所以最重要的工作就是数据的准备。

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图柱形图这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。

Mindful of the danger of tropical storms， I decided not to go out. 想到热带风暴的危险，我决定不出门。

1、go的意思是去；离开；变得；进行尝试；精力；一举。

2、go是一个英语单词，是离去的意思。英国发音：[ɡ]；美国发音：[ɡo]不及物动词：离去、走、进行、变成、趋于、达到、求助于、诉诸。及物动词：以……打赌、忍受、出产。名词：去、进行。过去式：went。

3、go的意思有：v.去，走；上，参加；（事情）进展，进行；将要，打算；离开，离去，出发；（时间）过去，流逝；变成，变得；（钱）用于，花掉。

4、go用作不及物动词时，常可接带to的动词不定式，这动词不定式并不是用作状语表示目的，而是与go构成一个动词短语，意思是“去做某事”，在非正式英语中，这种结构常可变为go and do sth，而在美式英语中and常被省去。

)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。

对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。

1、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图柱形图这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

2、GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个，一个term对应多个gene，同时还有层级关系。这样导致如果一个term显著富集，那和它共享很多基因的term也会显著富集。

3、其中2个与生长素信号转导相关，而另外8个则没注释到生长素信号转导相关，简单画一下，即好，剩下的两个就不替换了。整体上，ORA模式的富集分析，本身就是经典的抽球案例，感兴趣的自行替换就可以了。

1、可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。

2、用#表示。据查csdn博客网，一般编程语言的注释分为单行注释与多行注释，但是R语言只支持单行注释，注释符号为#。

3、首先选中要注释掉的行，然后按Ctrl+shift+C ，这样就注释掉了。

4、如果确认数据文件中没有注释内容，用comment.char = 会比较安全（也可能让速度比较快）。逃逸许多操作系统有在文本文件中用反斜杠作为逃逸标识字符的习惯，但是Windows系统是个例外（在路径名中使用反斜杠）。

关于go注释r语言和r语言文本标注的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。